农田重金属每年都增长
有文章估算，每年进入中国农田的镉的数量高达1417吨，排出178吨，年净增1239吨，每公斤土壤年净增0.004mg/kg。其中来自动物性肥料的镉最多高达778吨，而相应的砷为1412吨，铬为6113吨，三者分别占进入农田总量的54.9%、23.8%和35.8%。
施用猪粪后重金属提高
在国内开展的长期施用猪粪(2500公斤/公顷左右)等有机肥的两个试验表明，在一定年限后(分别是8年和17年)，土壤耕层中的重金属含量迅速提高，且会造成稻米镉超标的水平。
猪粪肥导致甘薯砷超标
而对万头以上的十余个大型猪场周围环境及农田进行的调查结果表明，猪场内长期以猪粪为肥料的甘薯根内的总砷含量已为国家规定最高检出限(0.5mg/kg)的3~6倍;

甘薯地土壤的砷含量介于25.83～55.54 mg/kg，远远大于自然界最高砷含量的背景值(15mg/kg);而且甘薯各种组织的总砷含量与土壤砷含量成正比。

猪场排污口附近的土壤，砷污染范围介于200~500mg/kg;其中距排污口约50m内的土壤，砷的含量远超过自然界砷含量的最高背景值15mg/kg。　
18年间动物肥重金属大幅增加
有跟踪结果表明，某省1990~2008年期间猪粪中的铜、锌、砷、铬和镉的含量分别增加771%、410%、420%、220%和63%，而牛粪中这些元素分别增加212%、95%、200%、791%和-63%(镉下降了)，家禽粪便中分别增加181%、197%、1500%、261%和16%，且在2002年至2008年间大幅度增加，这反映了2002年后饲料添加剂的广泛使用。文章认为，动物肥料中所含的重金属在这18年间大幅度增加，其施用对土壤的影响不能不加以考虑。
兽用抗生素排量放大
最近，中国科学院广州地球化学研究所应光国课题组发布的一项研究结果表明，2013年中国抗生素使用量惊人，年用量16.2万吨，约占世界用量的一半，其中52%为兽用，48%为人用，超过5万吨抗生素被排放进入水土环境中。无疑，兽用抗生素进入水土环境之前也主要积累在其排泄物中。




因此，动物性肥料能否顺利资源化成为化肥的替代品，取决于动物性肥料中重金属和抗生素的安全性，同时不能忽视有机肥中的病虫卵、草种及有机肥的pH值。